Resolution
Uma vez que não é possível emitir fatura de adiantamento a clientes intracomunitários, poderá usar este procedimento para registar/liquidar o adiantamento neste moldes.
EMISSÃO DO ADIANTAMENTO A CLIENTE INTRACOMUNITARIO
Colocar o cliente, o montante e escolher a isenção na taxa:

EMISSÃO DO RECIBO DE PAGAMENTO
Depois no Recibo liquida o documento de venda (FAC) juntamente com o adiantamento (NCC).
